效益审计的核心是对被审计事项的效益进行的评价，而进行效益评价的关键是建立健全一套完整可行且行之有效的指标体系。由于效益审计对象是综合、复杂的公共支出及其相关的 社会 和 经济 活动，具有能够可以直接用货币计量价值的经济效益和不能够用货币直接计量价值的社会效益和环境（生态）效益的特点，所以效益审计评价指标体系的建立健全应当遵循货币、实物和劳动量并重的计量原则；绝对数、相对数相结合的指标设置原则；时间、范围可比性的 分析 原则；客观、公正的评价原则；简明、清晰、扼要和全面的语言表述原则。 按照上述原则，我们认为 中国 效益审计的评价指标体系一般应当包括：经济效益审计评价指标体系、生态、效益审计评价指标体系和社会效益审计指标评价指标体系等三个部分。
一、经济效益审计评价指标体系
经济效益的特点是一般均可以直接运用价值量指标、实物量指标或劳动量指标反映其效益的经济性、效率性和效果性，其表现是经济总量的增加。结合中国社会主义市场初级阶段的现状，我们认为我国经济效益审计的评价指标体系应由以下指标构成：
1. 成本降低率。是反映投资经济性的指标。成本降低率为负表示节约，说明投资具有经济性。 计算 方法 是：
成本降低率=（某项投资的实际成本/该项投资的目标成本）×100％-1其中：目标成本=（商品预计价格×（1-税率）/1+成本利润率
2. 投资回收期。是反映投资经济性的指标，回收期越短，说明投资的经济性越好。计算方法是：
投资回收期=（某项目的全部投资额/该项目预计的年现金净流入量）×100（％） 投资回收期也是反映投资效率的一项指标，投资回收期越短，说明投资的效率越高。
3. 存货最优采购批量。是反映项目经营经济性的指标，最优采购批量是以实物单位计量的，它说明的是在此数量上进行采购可以获得最低的采购费用。计算方法是：
最优采购批量=（2*某种存货每次订货采购费用*该种存货年生产的计划需要量/该单位存货的年储存保管费用）的根号
存货最优采购批量也是反映经营效率性的一项指标。该指标还有“存货最优采购频率（次数）”、“存货最优采购批量周转天数”和“年存货最优采购批量总成本”三个辅助指标，具体计算方法是：
存货最优采购频率（次数）=（某种存货生产的计划需要量/该存货的最优采购批量） 存货最优采购批量周转天数=（360/某存货最优采购频率（次数））
年存货最优采购总成本=（某存货最优采购批量/2）=该存货最优采购频率×每次订货费用
4. 原材料利用率和原材料节约量。是反映经营经济性的两个指标。原材料利用率指标越高、原材料节约量指标负值越大，说明生产成本越低。计算方法是：
原材料利用率=（一定量商品中包含的原材料总重量/生产该一定量商品所消耗原材料的总重量）×100％
原材料节约量＝本期原材料消耗总量－（本期商品中原材料的实际数量/原材料的计划利用率）
5. 流动资金周转率（次数）。是反映流动资金使用效率的指标。流动资金周转率（次数）越快，说明经营效率越高。计算方法是：
流动资金周转率=（流动资金周转额/流动资金平均余额）=（流动资金周转额/期初流动资金余额+期末流动资金余额）
“流动资金周转期（天数）”是该指标的一个辅助性指标，周转期越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法是：
流动资金周转天数=（360/流动资金周转率）
6. 存货周转率。是尽映流动资金使用效率的指标。存货周转率越快，说明流动资金使用效率越好。计算方法是：
存货周转率=（一定时期商品的销售成本/同期平均存货成本）=（一定时期商品的销售成本/期初存货成本+期末存货成本）
“存货周转天数”是该指标的一个辅助性指标，周转天数越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法是：
存货周转天数=（360/存货周转率）
7. 应收账款周转率。是反映流动资金使用效率的指标。应收账款周转率越快，说明流动资金使用效率越好。计算方法是：
应收账款周转率=（赊销净额/应收账款平均余额）=（销售收入-现销收入-销售退回、折让、折扣/期初应收账款余额+期末应收账款余额）
“应收账款周转天数”是该指标的一个辅助性指标，周转天数越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法：
应收账款周转天数（360/应收账款周转率）
8. 全员劳动生产率和生产工人劳动生产率。是反映生产效率的指标。两指标数值越大，说明劳动效率越高。计算方法是：
全员劳动生产率=（一定时期的总产值（或总产量）/同一时期生产工人的平均人数）×100％
生产工人劳动生产率=（一定时期的总产值（或总产量）/同一时期生产工人的平均人数）×100％
应当注意，在实际运用时两指标应当结合起来使用。因为有时候虽然被审计单位的工人劳动生产率比较高，但是全员劳动生产率则会由于非生产人员过多而表现为不高甚至非常低的的现象。所以，应当将两指标的计算结果进行比较才能比较准确的说明被审计的实际生产效率的高低。
9. 有效工时利用率（作业率）。是反映生产效率的指标。有效工时利用率高，意味着单位产品生产成本的降低，生产效率比较好，计算方法是：
有效工时利用率=（实际工时数（不包括加班加点工时数/出勤工时数）×100％
10. 固定资产更新率和固定资产净值率。是反映固定资产稳定生产效率的指标。两指标数值越大，说明被审计单位持续的生产效率越稳定。计算方法是：
固定资产更新率=（本期固定资产更新的增加原值/期末固定资产原值）×100％
固定资产净值率=（期末固定资产原值（不含土地的价值）-本期固定资产折旧/期末固定资产原值（不含土地的价值）×100％
11. 销售利润率和成本费用利润率。是反映生产经营效果的指标。两指标数值越高，说明经营效果越好。计算方法是：
销售利润率=（一定时期利润总额/同一时期商品销售净收入）×100％
其中：商品销售净收入=商品-销售折让与折扣-销售退回
成本费用利润率=（一定时期利润总额/同一时期全部成本费用额）×100％
实际中两指标应当结合使用。
12. 总资产报酬率。是反映资产运用效果的指标。总资产报酬率越高，说明总资产的运用水平越好。计算方法是：
总资产报酬率=（一定时期（利润总额+利息支出总额）/平均资产总额）×100％
13. 资本保值增值率。是反映资产所有者投资回报效果高低的指标。只有当该指标数值等于或大于100％时，才说明资产所有人的资产得到了保值或增值。计算方法是：
资本保值增值率=（期末所有者权益总额/期初所有者权益总额）×100％
应当注意的是，当市场价格发生较大变化时，应当消除市场价格的变动对期初和期末所有者权益的 影响 后再进行比较，否则该指标的确定没有实际意义。
14. 资产负债率。是反映经营水平效果的指标。在市场经济条件下， 企业 一定的负债经营是有利于企业的长期 发展 的，但是如果负债过多则不仅不利于企业的发展，而且会威胁到企业的生存。故企业的资产负债率既不是越高越好，也不是越低越好，而是应当保持在一个合理的限度之内。计算方法是：
资产负债率=（负债总额/资产总额）×100％
15. 社会贡献率和社会积累率。是反映宏观经济效果的指标。两指标数值越大，说明企业为社会所做出的经济贡献越多。计算方法是：
社会贡献率=（企业社会贡献总额/企业平均资产总额）×100％
社会积累率=（上交国家财政总额/企业社会贡献总额）×100％
其中：企业社会贡献总额是指企业为国家或社会创造或支付的价值，包括工资（含奖金、津贴等工资性收入）、劳保退休统筹及其他社会福利性支出、利息支出净额、应交的销售税金及附加、应交的所得税及其他税金（不包括消费税）和净利润等。
需要说明的是：现行有关“企业社会贡献总额”的规定中是包括有“应交增值税”和“应交消费税”的。但是，因为上述两税的实际负税人是消费者而非纳税的企业，企业只是代收代交税者。所以我们认为它们不属于企业的社会贡献，不应包括在“企业社会贡献总额”中。
二、生态效益审计评价指标体系
生态效益多数具有难以用货币计量价值的特点，因此生态效益审计评价多以实物或劳动量指标为主。由于生态效益常常不一定会增加社会总产品数量，所以生态效益往往表现为服务范围的扩大、环境质量的提高或恢复。我国生态效益审计评价指标体系的建立应当本着“ 科学 合理、简便易行、大众普及”的原则，不宜照搬国外的现成模式。据此，我们认为我国生态效益审计评价指标体系应由以下指标组成：
1. 计划投资资金节约率。是反映生态效益项目投资经济性的指标。计划投资资金节约率为负且越大，说明项目投资的经济性越好。计算方法是：
计划资资金节约率=（某项生态效益项目的实际投资额/该项生态效益项目的计划投资额）×100％-1
应当指出的是，这里所指的计划投资额应当是具有科学依据并经过充分论证的。
2. 投资回收期。是反映生态效益项目投资经济性的指标。投资回收期越短，说明项目投资的经济性越好。计算方法是：
投资回收期=（某项目的全部投资额/该项目预计的年现金净流入量）×100％
3. 光能利用率。指一定时期内单位土地面积上作物积累的化学潜能与同期投入该面积上的太阳辐射能之间的比例，是反映生态效益效率性的指标。光能利用率越高，说明生态效益越好。计算方法是：
光能利用率=（单位面积作物光合作用积累的有机物所含能量/单位面积的太阳辐射能）×100％=（作物的产量（克/厘米[2]）×1克作物于物质完全燃烧所释放的热量（17782焦尔/厘米[2]）/单位面积的太阳辐射能）
4. 森林覆盖率。指绿色植被（森林、草地、农田作物等）的覆盖状况，是反映生态效益效率性和效果性的指标。森林覆盖率越高，说明生态效益越好。
效益审计的核心是对被审计事项的效益进行的评价，而进行效益评价的关键是建立健全一套完整可行且行之有效的指标体系。由于效益审计对象是综合、复杂的公共支出及其相关的 社会 和 经济 活动，具有能够可以直接用货币计量价值的经济效益和不能够用货币直接计量价值的社会效益和环境（生态）效益的特点，所以效益审计评价指标体系的建立健全应当遵循货币、实物和劳动量并重的计量原则；绝对数、相对数相结合的指标设置原则；时间、范围可比性的 分析 原则；客观、公正的评价原则；简明、清晰、扼要和全面的语言表述原则。 按照上述原则，我们认为 中国 效益审计的评价指标体系一般应当包括：经济效益审计评价指标体系、生态、效益审计评价指标体系和社会效益审计指标评价指标体系等三个部分。
一、经济效益审计评价指标体系
经济效益的特点是一般均可以直接运用价值量指标、实物量指标或劳动量指标反映其效益的经济性、效率性和效果性，其表现是经济总量的增加。结合中国社会主义市场初级阶段的现状，我们认为我国经济效益审计的评价指标体系应由以下指标构成：
1. 成本降低率。是反映投资经济性的指标。成本降低率为负表示节约，说明投资具有经济性。 计算 方法 是：
成本降低率=（某项投资的实际成本/该项投资的目标成本）×100％-1其中：目标成本=（商品预计价格×（1-税率）/1+成本利润率
2. 投资回收期。是反映投资经济性的指标，回收期越短，说明投资的经济性越好。计算方法是：
投资回收期=（某项目的全部投资额/该项目预计的年现金净流入量）×100（％） 投资回收期也是反映投资效率的一项指标，投资回收期越短，说明投资的效率越高。
3. 存货最优采购批量。是反映项目经营经济性的指标，最优采购批量是以实物单位计量的，它说明的是在此数量上进行采购可以获得最低的采购费用。计算方法是：
最优采购批量=（2*某种存货每次订货采购费用*该种存货年生产的计划需要量/该单位存货的年储存保管费用）的根号
存货最优采购批量也是反映经营效率性的一项指标。该指标还有“存货最优采购频率（次数）”、“存货最优采购批量周转天数”和“年存货最优采购批量总成本”三个辅助指标，具体计算方法是：
存货最优采购频率（次数）=（某种存货生产的计划需要量/该存货的最优采购批量） 存货最优采购批量周转天数=（360/某存货最优采购频率（次数））
年存货最优采购总成本=（某存货最优采购批量/2）=该存货最优采购频率×每次订货费用
4. 原材料利用率和原材料节约量。是反映经营经济性的两个指标。原材料利用率指标越高、原材料节约量指标负值越大，说明生产成本越低。计算方法是：
原材料利用率=（一定量商品中包含的原材料总重量/生产该一定量商品所消耗原材料的总重量）×100％
原材料节约量＝本期原材料消耗总量－（本期商品中原材料的实际数量/原材料的计划利用率）
5. 流动资金周转率（次数）。是反映流动资金使用效率的指标。流动资金周转率（次数）越快，说明经营效率越高。计算方法是：
流动资金周转率=（流动资金周转额/流动资金平均余额）=（流动资金周转额/期初流动资金余额+期末流动资金余额）
“流动资金周转期（天数）”是该指标的一个辅助性指标，周转期越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法是：
流动资金周转天数=（360/流动资金周转率）
6. 存货周转率。是尽映流动资金使用效率的指标。存货周转率越快，说明流动资金使用效率越好。计算方法是：
存货周转率=（一定时期商品的销售成本/同期平均存货成本）=（一定时期商品的销售成本/期初存货成本+期末存货成本）
“存货周转天数”是该指标的一个辅助性指标，周转天数越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法是：
存货周转天数=（360/存货周转率）
7. 应收账款周转率。是反映流动资金使用效率的指标。应收账款周转率越快，说明流动资金使用效率越好。计算方法是：
应收账款周转率=（赊销净额/应收账款平均余额）=（销售收入-现销收入-销售退回、折让、折扣/期初应收账款余额+期末应收账款余额）
“应收账款周转天数”是该指标的一个辅助性指标，周转天数越短，说明流动资金使用效率越好，计算方法：
应收账款周转天数（360/应收账款周转率）
8. 全员劳动生产率和生产工人劳动生产率。是反映生产效率的指标。两指标数值越大，说明劳动效率越高。计算方法是：
全员劳动生产率=（一定时期的总产值（或总产量）/同一时期生产工人的平均人数）×100％
生产工人劳动生产率=（一定时期的总产值（或总产量）/同一时期生产工人的平均人数）×100％
应当注意，在实际运用时两指标应当结合起来使用。因为有时候虽然被审计单位的工人劳动生产率比较高，但是全员劳动生产率则会由于非生产人员过多而表现为不高甚至非常低的的现象。所以，应当将两指标的计算结果进行比较才能比较准确的说明被审计的实际生产效率的高低。
9. 有效工时利用率（作业率）。是反映生产效率的指标。有效工时利用率高，意味着单位产品生产成本的降低，生产效率比较好，计算方法是：
有效工时利用率=（实际工时数（不包括加班加点工时数/出勤工时数）×100％
10. 固定资产更新率和固定资产净值率。是反映固定资产稳定生产效率的指标。两指标数值越大，说明被审计单位持续的生产效率越稳定。计算方法是：
固定资产更新率=（本期固定资产更新的增加原值/期末固定资产原值）×100％
固定资产净值率=（期末固定资产原值（不含土地的价值）-本期固定资产折旧/期末固定资产原值（不含土地的价值）×100％
11. 销售利润率和成本费用利润率。是反映生产经营效果的指标。两指标数值越高，说明经营效果越好。计算方法是：
销售利润率=（一定时期利润总额/同一时期商品销售净收入）×100％
其中：商品销售净收入=商品-销售折让与折扣-销售退回
成本费用利润率=（一定时期利润总额/同一时期全部成本费用额）×100％
实际中两指标应当结合使用。
12. 总资产报酬率。是反映资产运用效果的指标。总资产报酬率越高，说明总资产的运用水平越好。计算方法是：
总资产报酬率=（一定时期（利润总额+利息支出总额）/平均资产总额）×100％
13. 资本保值增值率。是反映资产所有者投资回报效果高低的指标。只有当该指标数值等于或大于100％时，才说明资产所有人的资产得到了保值或增值。计算方法是：
资本保值增值率=（期末所有者权益总额/期初所有者权益总额）×100％
应当注意的是，当市场价格发生较大变化时，应当消除市场价格的变动对期初和期末所有者权益的 影响 后再进行比较，否则该指标的确定没有实际意义。
14. 资产负债率。是反映经营水平效果的指标。在市场经济条件下， 企业 一定的负债经营是有利于企业的长期 发展 的，但是如果负债过多则不仅不利于企业的发展，而且会威胁到企业的生存。故企业的资产负债率既不是越高越好，也不是越低越好，而是应当保持在一个合理的限度之内。计算方法是：
资产负债率=（负债总额/资产总额）×100％
15. 社会贡献率和社会积累率。是反映宏观经济效果的指标。两指标数值越大，说明企业为社会所做出的经济贡献越多。计算方法是：
社会贡献率=（企业社会贡献总额/企业平均资产总额）×100％
社会积累率=（上交国家财政总额/企业社会贡献总额）×100％
其中：企业社会贡献总额是指企业为国家或社会创造或支付的价值，包括工资（含奖金、津贴等工资性收入）、劳保退休统筹及其他社会福利性支出、利息支出净额、应交的销售税金及附加、应交的所得税及其他税金（不包括消费税）和净利润等。
需要说明的是：现行有关“企业社会贡献总额”的规定中是包括有“应交增值税”和“应交消费税”的。但是，因为上述两税的实际负税人是消费者而非纳税的企业，企业只是代收代交税者。所以我们认为它们不属于企业的社会贡献，不应包括在“企业社会贡献总额”中。
二、生态效益审计评价指标体系
生态效益多数具有难以用货币计量价值的特点，因此生态效益审计评价多以实物或劳动量指标为主。由于生态效益常常不一定会增加社会总产品数量，所以生态效益往往表现为服务范围的扩大、环境质量的提高或恢复。我国生态效益审计评价指标体系的建立应当本着“ 科学 合理、简便易行、大众普及”的原则，不宜照搬国外的现成模式。据此，我们认为我国生态效益审计评价指标体系应由以下指标组成：
1. 计划投资资金节约率。是反映生态效益项目投资经济性的指标。计划投资资金节约率为负且越大，说明项目投资的经济性越好。计算方法是：
计划资资金节约率=（某项生态效益项目的实际投资额/该项生态效益项目的计划投资额）×100％-1
应当指出的是，这里所指的计划投资额应当是具有科学依据并经过充分论证的。
2. 投资回收期。是反映生态效益项目投资经济性的指标。投资回收期越短，说明项目投资的经济性越好。计算方法是：
投资回收期=（某项目的全部投资额/该项目预计的年现金净流入量）×100％
3. 光能利用率。指一定时期内单位土地面积上作物积累的化学潜能与同期投入该面积上的太阳辐射能之间的比例，是反映生态效益效率性的指标。光能利用率越高，说明生态效益越好。计算方法是：
光能利用率=（单位面积作物光合作用积累的有机物所含能量/单位面积的太阳辐射能）×100％=（作物的产量（克/厘米[2]）×1克作物于物质完全燃烧所释放的热量（17782焦尔/厘米[2]）/单位面积的太阳辐射能）
4. 森林覆盖率。指绿色植被（森林、草地、农田作物等）的覆盖状况，是反映生态效益效率性和效果性的指标。森林覆盖率越高，说明生态效益越好。