《伯杰氏系统细菌学手册》(Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,20xx年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。第9版(1984，1986)中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)，第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》;第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便;第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化(见下表)，尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲;第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究;在表型特征的基础上，以DNA资料给予决定性的判断。使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。
细菌高级分类单位
原核生物界(Procaryotae)
薄壁菌门(Gracilicutes)
暗细菌纲(Scotobacteria)
无氧光细菌纲(Anoxyphotobacteria)
产氧光细菌纲(Oxyphotobacteria)
厚壁菌门(Firmicutes)
厚壁菌纲(Firmicuteria)
放线菌纲(Thallobacteria)
软壁菌门(Tendericutes)
柔膜菌纲(Mollicuteria)
疵壁菌门(Mendosicutes)
古细菌纲(Archacobacter
伯杰氏系统细菌学手册(20xx年第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。因此已经有可能对其第一版进行新的修订。第二版预计分5卷出版，从已报导的资料看，它更多地依靠系统发育资料对细菌分类群的总体安排进行了较大的调整。第二版将原核生物分为30组，5卷大致的内容安排如下：
第一卷：1～14组。包括古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属
第二卷：15～19组。包括变形杆菌(属革兰氏阴性真细菌类)
第三卷：20～22组。包括低G+C含量的革兰氏阳性细菌
第四卷：23组。包括高G+C含量的革兰氏阳性细菌(放线菌类)
第五卷：24～30组。包括浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌(属革兰氏阴性细菌类)
有关系统手册第二版的分类大纲见下表
表 伯杰氏系统细菌学手册第二版分类纲要
分类群 代表属
一、古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属古生菌
嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)
1 组 热变形菌、硫化叶菌和嗜压菌 热变形菌属(Thermoproteus)、硫化叶菌 属(Sulfolobus)
广古生菌界 (Euryarchaeota)
2 组 产甲烷菌 甲烷杆菌属(Methanobacterium)
3 组 盐杆菌 盐杆菌属(Halobacterium)、盐球菌属(Halococcus)
4 组 热原体 热原体属(Thermoplasma)等
5 组 热球菌 古生球菌属(Archaeoglobus)、热球菌属(Thermococcus)
最早分支的属
细菌(真细菌)
6 组 产液菌和有关的细菌 产液菌属(Aquifex)、氢杆菌属(Hydrogenobacter)
7 组 热袍菌和地袍菌 热袍菌属(Thermotoga)、地袍菌 属(Geotoga)、热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
8 组 异常球菌 异常球菌属(Deinococcus)
9 组 栖热菌 栖热菌属(Thermus)、磁杆菌属(Magnetobacterium)
10组 产金色菌 产金色菌属(Chrisiogenes)
11组 绿屈挠菌和滑柱菌 绿屈挠菌属(Chloroflexus)、滑柱菌属(Herpetosiphon)
12组 热微菌 热微菌属(Thermomicrobium)
13组 原绿蓝细菌和蓝细菌 原绿蓝细菌属(Prochloron) 、聚球蓝细菌属(Synechococcus)、颤蓝细菌属(Oscillatoria)、鱼腥蓝细菌属(Anabaena) 、念珠蓝细菌属(Nostoc)、真枝蓝细菌属(Stigonema)等
14组 绿菌 绿菌属(Chlorobium)、暗网菌属(Pelodictyon)
二、变形杆菌
细菌
变形杆菌界 (Proteobacteria)
15组 α变形杆菌 红螺菌属(Rhodospirillum)、立克次氏体属(Rickettsia)、柄杆菌属(Caulobacter)、根瘤菌属(Rhizobium)、布鲁氏菌属(Brucella)、硝化杆菌属(Nitrobacter)、甲基杆菌属(Methylobacteriun)等
16组 β变形杆菌 奈瑟氏菌属(Neisseria)、产碱杆菌 属(Alcaligenes)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、嗜甲基菌属(Methylophilus)、硫杆菌 属(Thiobacillus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)等
17组 γ变形杆菌 着色菌属(Chromatium)、亮发菌属( Leucothrix)、军团菌属(Legionella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、固氮菌属(Azotobacter )、弧菌属(Vibrio)、埃希氏菌属(Escherichia)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、变形杆菌属 (Proteus)、沙门氏菌属(Salmonella)、志贺氏菌属(Shigella)、伊尔森氏菌属(Yersinia) 、嗜血杆菌属(Haemophilus)
18组 δ变形杆菌 脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、蛭 弧菌属(Bodellovibiro)、粘球菌属(Myxococcus)、多囊菌属(Polyangium)
19组 ε变形杆菌 弯曲杆菌属(Campylobacter)、螺杆菌属(Helicobacter)
三、低G+C含量的革兰氏阳性细菌
20组 梭菌和有关的细菌 梭菌属(Clostridium)、消化链 球菌属(Peptostreptococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum )、韦荣氏菌属(Veillonella)等
21组 柔膜菌 枝原体属(Mycoplasma)、尿原体属(Ureaplasma)、螺原体属(Spiroplasma)、无胆甾原体属(Acholeplasma)
22组 芽孢杆菌和乳杆菌 芽孢杆菌属(Bacillus)、显核菌属(Caryophanon)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属( Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、利斯特氏菌属(Listeria)
四、高G+C含量的革兰氏阳性细菌
23组 放线杆菌纲(Actinobacteria) 放线菌属(Actinomyces)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、棒杆菌属(C orynebacterium)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、游动放线菌属(A ctinoplanes)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)链霉菌属(Streptomyces)、高温单孢菌属( Thermomonospora)、弗兰克氏菌属(Frankia)、马杜拉放线菌属(Actinomadure)、双歧杆菌 属(Bifidobacterium)
五、浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌
24组 浮霉状菌、衣原体和有关的细菌 浮霉状菌属(Planctomyces)、衣原体属(Chlamydia)
25组 螺旋体 螺旋体属(Spirochaeta)、疏螺旋体属(Borrelia)、 密螺旋体属(Treponema)、小蛇菌属(Serpulina)、钩端螺旋体属(Leptospira)
26组 丝状杆菌 丝状杆菌属(Fibrobacter)
27组 拟杆菌 拟杆菌属(Bacteriodes)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、普雷沃氏菌属(Prevotella)
28组 黄杆菌 黄杆菌属(Flavobacterium)
29组 鞘氨醇杆菌、屈挠杆菌和噬纤维菌 鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、屈挠杆菌属(Flexibacter)、噬纤维菌属(Cytophaga)
30组 梭杆菌 梭杆菌属(Fusobacterium)
第二版更多地采用核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展，但另一方面，我们也应看到：在某些类群中，由于序列特征与某些重要的表型特征相矛盾，这将给主要按表型特征进行细菌鉴定带来新的困难，如何解决这些问题 ，有待进一步研究。
《伯杰氏系统细菌学手册》(Bergey’s manual of systematic bacteriology(second edition,20xx年第1版，后于1925、1930、1934、1939、1948、1957、1974年相继出版了第2至第8版，每个版本都反映了当时细菌学发展的新成就。其中第8版有美、英、德、法等14个国家的细菌学家参加了编写工作，对系统内的每一属和种都做了较详细的属性描述。近年来，由于细胞学、遗传学和分子生物学的渗透，大大促进了细菌分类学的发展，使分类系统与真正反映亲缘关系的自然体系日趋接近。第9版(1984，1986)中实质性的变化，象征着细菌分类学的发展进入新的阶段。第一，手册更名，原书名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》(Bergey's Manual of Determinative Bacteriology)，第9版由于内容增加，范围扩大，提高了手册的实用性，同时指出各类细菌间的关系，所以改名为《伯杰氏系统细菌学手册》;第二，由1卷分成4卷，这是考虑到能及时反映新进展和使用者的方便;第三，细菌在生物界的地位，8、9版间无变动，但它们的高级分类单位有很大变化(见下表)，尤其嗜盐细菌和产甲烷细菌，根据胞壁分析和DNA序列分折，另列疵壁菌门，古细菌纲;第四，趋近自然体系，在各级分类单位中全面应用核酸研究;在表型特征的基础上，以DNA资料给予决定性的判断。使人为的分类体系过渡到自然体系的理想进一步付诸实现。
细菌高级分类单位
原核生物界(Procaryotae)
薄壁菌门(Gracilicutes)
暗细菌纲(Scotobacteria)
无氧光细菌纲(Anoxyphotobacteria)
产氧光细菌纲(Oxyphotobacteria)
厚壁菌门(Firmicutes)
厚壁菌纲(Firmicuteria)
放线菌纲(Thallobacteria)
软壁菌门(Tendericutes)
柔膜菌纲(Mollicuteria)
疵壁菌门(Mendosicutes)
古细菌纲(Archacobacter
伯杰氏系统细菌学手册(20xx年第一版开始发行以来，细菌分类已取得了巨大进展，新命名的种成倍增加、新描述的属也在170个以上，尤其是80年代末以来，rRNA、DNA、蛋白质序列分析方法日趋实用，因而为细菌的系统发育积累了不少新的资料。因此已经有可能对其第一版进行新的修订。第二版预计分5卷出版，从已报导的资料看，它更多地依靠系统发育资料对细菌分类群的总体安排进行了较大的调整。第二版将原核生物分为30组，5卷大致的内容安排如下：
第一卷：1～14组。包括古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属
第二卷：15～19组。包括变形杆菌(属革兰氏阴性真细菌类)
第三卷：20～22组。包括低G+C含量的革兰氏阳性细菌
第四卷：23组。包括高G+C含量的革兰氏阳性细菌(放线菌类)
第五卷：24～30组。包括浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌(属革兰氏阴性细菌类)
有关系统手册第二版的分类大纲见下表
表 伯杰氏系统细菌学手册第二版分类纲要
分类群 代表属
一、古生菌、蓝细菌、光合细菌和最早分支的属古生菌
嗜泉古生菌界(Crenarchaeota)
1 组 热变形菌、硫化叶菌和嗜压菌 热变形菌属(Thermoproteus)、硫化叶菌 属(Sulfolobus)
广古生菌界 (Euryarchaeota)
2 组 产甲烷菌 甲烷杆菌属(Methanobacterium)
3 组 盐杆菌 盐杆菌属(Halobacterium)、盐球菌属(Halococcus)
4 组 热原体 热原体属(Thermoplasma)等
5 组 热球菌 古生球菌属(Archaeoglobus)、热球菌属(Thermococcus)
最早分支的属
细菌(真细菌)
6 组 产液菌和有关的细菌 产液菌属(Aquifex)、氢杆菌属(Hydrogenobacter)
7 组 热袍菌和地袍菌 热袍菌属(Thermotoga)、地袍菌 属(Geotoga)、热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
8 组 异常球菌 异常球菌属(Deinococcus)
9 组 栖热菌 栖热菌属(Thermus)、磁杆菌属(Magnetobacterium)
10组 产金色菌 产金色菌属(Chrisiogenes)
11组 绿屈挠菌和滑柱菌 绿屈挠菌属(Chloroflexus)、滑柱菌属(Herpetosiphon)
12组 热微菌 热微菌属(Thermomicrobium)
13组 原绿蓝细菌和蓝细菌 原绿蓝细菌属(Prochloron) 、聚球蓝细菌属(Synechococcus)、颤蓝细菌属(Oscillatoria)、鱼腥蓝细菌属(Anabaena) 、念珠蓝细菌属(Nostoc)、真枝蓝细菌属(Stigonema)等
14组 绿菌 绿菌属(Chlorobium)、暗网菌属(Pelodictyon)
二、变形杆菌
细菌
变形杆菌界 (Proteobacteria)
15组 α变形杆菌 红螺菌属(Rhodospirillum)、立克次氏体属(Rickettsia)、柄杆菌属(Caulobacter)、根瘤菌属(Rhizobium)、布鲁氏菌属(Brucella)、硝化杆菌属(Nitrobacter)、甲基杆菌属(Methylobacteriun)等
16组 β变形杆菌 奈瑟氏菌属(Neisseria)、产碱杆菌 属(Alcaligenes)、亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)、嗜甲基菌属(Methylophilus)、硫杆菌 属(Thiobacillus)、伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia)等
17组 γ变形杆菌 着色菌属(Chromatium)、亮发菌属( Leucothrix)、军团菌属(Legionella)、假单胞菌属(Pseudomonas)、固氮菌属(Azotobacter )、弧菌属(Vibrio)、埃希氏菌属(Escherichia)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、变形杆菌属 (Proteus)、沙门氏菌属(Salmonella)、志贺氏菌属(Shigella)、伊尔森氏菌属(Yersinia) 、嗜血杆菌属(Haemophilus)
18组 δ变形杆菌 脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、蛭 弧菌属(Bodellovibiro)、粘球菌属(Myxococcus)、多囊菌属(Polyangium)
19组 ε变形杆菌 弯曲杆菌属(Campylobacter)、螺杆菌属(Helicobacter)
三、低G+C含量的革兰氏阳性细菌
20组 梭菌和有关的细菌 梭菌属(Clostridium)、消化链 球菌属(Peptostreptococcus)、真杆菌属(Eubacterium)、脱硫肠状菌属(Desulfotomaculum )、韦荣氏菌属(Veillonella)等
21组 柔膜菌 枝原体属(Mycoplasma)、尿原体属(Ureaplasma)、螺原体属(Spiroplasma)、无胆甾原体属(Acholeplasma)
22组 芽孢杆菌和乳杆菌 芽孢杆菌属(Bacillus)、显核菌属(Caryophanon)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus)、高温放线菌属(Thermoactinomyces)、乳杆菌属( Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、利斯特氏菌属(Listeria)
四、高G+C含量的革兰氏阳性细菌
23组 放线杆菌纲(Actinobacteria) 放线菌属(Actinomyces)、微球菌属(Micrococcus)、节杆菌属(Arthrobacter)、棒杆菌属(C orynebacterium)、分枝杆菌属(Mycobacterium)、诺卡氏菌属(Nocardia)、游动放线菌属(A ctinoplanes)、丙酸杆菌属(Propionibacterium)链霉菌属(Streptomyces)、高温单孢菌属( Thermomonospora)、弗兰克氏菌属(Frankia)、马杜拉放线菌属(Actinomadure)、双歧杆菌 属(Bifidobacterium)
五、浮霉状菌、螺旋体、丝杆菌、拟杆菌和梭杆菌
24组 浮霉状菌、衣原体和有关的细菌 浮霉状菌属(Planctomyces)、衣原体属(Chlamydia)
25组 螺旋体 螺旋体属(Spirochaeta)、疏螺旋体属(Borrelia)、 密螺旋体属(Treponema)、小蛇菌属(Serpulina)、钩端螺旋体属(Leptospira)
26组 丝状杆菌 丝状杆菌属(Fibrobacter)
27组 拟杆菌 拟杆菌属(Bacteriodes)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、普雷沃氏菌属(Prevotella)
28组 黄杆菌 黄杆菌属(Flavobacterium)
29组 鞘氨醇杆菌、屈挠杆菌和噬纤维菌 鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium)、屈挠杆菌属(Flexibacter)、噬纤维菌属(Cytophaga)
30组 梭杆菌 梭杆菌属(Fusobacterium)
第二版更多地采用核酸序列资料对分类群进行新的调整，无疑这是细菌系统发育分类的重大进展，但另一方面，我们也应看到：在某些类群中，由于序列特征与某些重要的表型特征相矛盾，这将给主要按表型特征进行细菌鉴定带来新的困难，如何解决这些问题 ，有待进一步研究。